- توضیحات دوره
- مشخصات
- نقد و بررسی
معرفی دوره شبیه‌سازی دینامیک مولکولی با LAMMPS:
LAMMPS از کارآمدترین نرم افزارها در حوزه شبیه سازی دینامیک مولکولی است که از جمله مزایای آن می‌توان به عدم محدودیت در تعریف میدان نیروها برای ساختارهای مختلف اشاره داشت. این قابلیت به ویژه در مهندسی پزشکی بسیار مهم است، زیرا امکان شبیه‌سازی سیستم‌های پیچیده مانند پروتئین‌ها، غشاهای سلولی، نانومواد زیست سازگار و داروها را فراهم می‌کند. موضوعی که در سایر نرم افزارهای شبیه‌سازی مولکولی با محدودیت همراه است.
برای بررسی پدیده‌ها و فرآیندهای پیچیده، چه در ابعاد میکروسکوپی مانند ساختارهای سلولی و مولکولی و چه در ابعاد ماکروسکوپی مانند رفتار یک ایمپلنت در بدن، نیاز به شروع بررسی از مقیاس اتمی است. به عنوان مثال، به منظور بررسی و آنالیز چگونگی رشد یک تومور سرطانی در سطح سلولی و بررسی مکانیسم های موثر در گسترش سرطان که در اثر فاصله گرفتن اتم‌ها و تغییر ساختار مولکولی بافت اتفاق می‌افتد و یا به منظور بررسی دقیق فرآیند دارورسانی هدفمند به یک غده سرطانی با در نظر گرفتن دارو به صورت اتمی و انجام شبیه سازی مولکولی، می‌توان اندرکنش‌های رخ داده را پیش‌بینی کرد و اثربخشی درمان را بهینه نمود. بنابراین، در شبیه‌سازی دینامیک مولکولی به کمک نرم افزاری مانند LAMMPS، اندرکنش میان اتم‌ها و مولکول‌ها در بازه‌های زمانی مختلف بر اساس قوانین فیزیک مورد بررسی قرار می‌گیرد. این رویکرد به ما اجازه می‌دهد تا پدیده‌های بیولوژیکی و مکانیکی را با دقت بالا شبیه‌سازی و تحلیل کنیم.
مزایای نرم افزار LAMMPS:
- انعطاف‌پذیری بالا: LAMMPS در تعریف میدان‌های نیرو برای انواع ساختارها و سیستم‌های مولکولی محدودیت ندارد.
- قابلیت توسعه‌پذیری: این نرم افزار متن باز است و امکان اضافه کردن کد و قابلیت‌های جدید به آن وجود دارد.
- سرعت و کارایی: LAMMPS برای شبیه‌سازی‌های موازی و محاسبات سنگین بهینه‌سازی شده است.
- جامعه کاربری فعال: LAMMPS دسترسی آسان به راهنماها، آموزش‌ها و پشتیبانی برای حل مشکلات دارد.
چرا دوره شبیه‌سازی دینامیک مولکولی با LAMMPS پارس پژوهان؟
دوره شبیه‌سازی دینامیک مولکولی پارس پژوهان به بررسی مباحث پایه‌ای و پیشرفته در شبیه‌سازی سیستم‌های مولکولی می‌پردازد. این دوره شامل آموزش نرم افزارها و تکنیک‌های مختلف شبیه‌سازی، تحلیل داده‌ها و کاربردهای علمی آن است که با بهترین اساتید برای شما فراهم شده است. همچنین تمرین‌های عملی به دانش پژوهان کمک می‌کند تا مهارت‌های لازم را در این زمینه کسب کنند.
سرفصل‌های شبیه‌سازی دینامیک مولکولی با نرم افزار لمپس:
- آشنایی مقدماتی با نرم افزار لمپس
- ویژگی‌های نرم افزار لمپس
- نقاط مثبت و منفی نرم افزار لمپس
- آشنایی با نرم افزارهای گرافیکی مانند VMD5
- خروجی‌های نرم افزار لمپس
- قواعد کدنویسی با نرم افزار لمپس
- نحوه نصب و اجرای نرم افزار در محیط ویندوز
- تحلیل نمونه کدهای شبیه سازی لمپس
پیش نیازهای دوره شبیه‌سازی دینامیک مولکولی با لمپس:
این دوره فاقد پیش نیاز است.
گواهینامه‌های دوره شبیه‌سازی دینامیک مولکولی با نرم افزار LAMMPS:
در آخر به پذیرفته شدگان این دوره مدرک مؤسسه به زبان لاتین ارائه می‌شود.
بعد از شرکت در این دوره چه مهارت‌هایی کسب می‌کنیم؟
- یادگیری مفاهیم کامل نرم افزار دینامیک مولکولی
- آشنایی با فضای نرم افزار لمپس
- یادگیری نحوه شبیه‌سازی با استفاده از روش دینامیک مولکولی
- آمادگی برای انجام پروژه‌های تحقیقاتی و صنعتی
- تعیین میدان‌های نیرو و پارامترهای شبیه‌سازی
- انجام شبیه‌سازی دینامیک مولکولی و تحلیل نتایج
- توانایی کد نویسی اجرا و نصب نرم افزارهای جانبی شبیه‌سازی مولکولی با استفاده از نرم افزار لمپس
سوالات متداول:
- چرا دوره شبیه‌سازی دینامیک مولکولی نرم افزار لمپس برای مهندسان پزشکی ضروری است؟
طراحی و توسعه داروهای جدید: با شبیه‌سازی برهمکنش‌های دارو و هدف بیولوژیکی، می‌توانید داروهای جدید با اثربخشی و هدفمندی بالاتر طراحی کنید.
بهینه‌سازی مواد زیست سازگار: با درک بهتر خواص مواد در سطح مولکولی، می‌توانید مواد زیست سازگار با عملکرد بهتر برای ایمپلنت‌ها و سایر کاربردهای مهندسی پزشکی طراحی کنید.
شبیه‌سازی سیستم‌های پیچیده: LAMMPS به شما این امکان را می‌دهد که سیستم‌های پیچیده بیولوژیکی مانند پروتئین‌ها، نانومواد، غشاهای سلولی و ساختارهای بافتی را با دقت بالا شبیه‌سازی کنید.
کاهش هزینه‌ها و زمان آزمایشگاهی: با شبیه‌سازی، می‌توانید نتایج آزمایشگاهی را پیش‌بینی کرده و تعداد آزمایش‌های پرهزینه و زمان‌بر را کاهش دهید. - تفاوت نرم افزارهای LAMMPS و ANSYS FSI چیست؟
لمپس نرم افزاری برای شبیه‌سازی دینامیک مولکولی است که تمرکز بر روی تعاملات مولکولی، مدل‌سازی مواد و سیستم‌های نانو دارد. از مدل‌های مولکولی و تعاملی استفاده می‌کند که در مقیاس نانو و میکروسکوپی کارایی دارند.
ANSYS FSI نرم افزار شبیه‌سازی برای تحلیل تعاملات بین جریان سیال و ساختارهای جامد است و معمولاً در مهندسی مکانیک و عمران برای بررسی رفتار سازه‌ها تحت بارهای سیالی کاربرد دارد. بر اساس نظریه‌های میدان‌های سیال و ساختاری عمل می‌کند و معمولاً در مقیاس‌های کلان‌تر با تعادل نیروها و مومسانی سر و کار دارد. همچنین برای اطلاعات بیشتر می توانید به دوره اف اس آی مراجعه کنید. - این دوره برای چه کسانی طراحی شده است؟
این دوره برای مهندسان پزشکی، محققین علوم زیستی، افراد علاقمند به شبیه‌سازی مولکولی در علوم پزشکی و دانشجویان رشته‌های مهندسی پزشکی، بیوتکنولوژی، داروسازی و رشته‌های مرتبط مناسب است.
