شبیه سازی دینامیک مولکولی با استفاده از LAMMPS (شیمی)

شبیه سازی دینامیک مولکولی (MD) که امروزه در رشته های فیزیک، شیمی، مواد، مکانیک، زیست شناسی و ..... به یکی از مباحث پر طرفدار تبدیل شده است، به زبان ساده تحلیل برهم کنش اتم هاست.

مطمئنا هر پدیده ای که در جهان مشاهده میشود، در ابتدا در ابعاد اتم ها رخ میدهد، به طور مثال ایجاد ترک در بال یک هواپیما در حقیقت ایجاد فاصله بین اتم های آن است و یا در فرآیند دارورسانی به یک عضو سرطانی، در واقع میزان وجود اتم های دارو و چینش آن ها باید مورد بررسی قرار گیرد.

شبیه سازی دینامیک مولکولی با نرم افزارهای متفاوتی انجام میشود. رایج ترین نرم افزار این حوزه در دنیا، Material Studio نام دارد که به دلیل مشکلات لایسنس در ایران قابل استفاده و استناد نیست. 
 LAMMPS بی شک یکی از کارآمدترین نرم افزارهای حوزه MD است. در توضیح این کارآمدی میتوان یادآوری کرد در شبیه سازی دینامیک مولکولی ما به تعریف ساختار اتمی و میدان نیروها نیاز داریم. از آنجایی که چینش بین اتم ها اهمیت زیادی دارد، تعریف میدان نیروها از مهمترین مباحث به شمار میرود. بنابراین وجود میدان های متنوع باعث تفاوت در بین نرم افزارها میشود. برتری  نرم افزار LAMMPS به دلیل وجود انواع میدان های نیرویی در حوزه های مختلف است.